Yapının Tarihlendirilmesi
Kiliseye ait iki adet kitabe vardır. Bunlardan ilki Ayasofya Müzesi‟nde sergilenen kitabede Rahip Gregory‟den bahsetmektedir. Bu kitabe 10. yüzyıldan önce tarihlendirilmiştir.
Kilisenin güney girişinin üstünde yer alan ikinci kitabede ise kilisenin restore edildiği dönemler hakkında bilgiler yer alır.
Kitabesi:
Ἀνενεόθι ὁ ναòρ η[ῆρ ἁγίαρ]
Ἀν[νη]ρ ἐπì Βαζιλεί[ος] Λέ[ονηορ καì Ἀλε]
ξάνδπος, ζηπαηηγ[οῦ]νηορ Ἀλε
ξίος κ(καì) (ππωηο)ζπαθ[απίος] ηοῦ ἀνα[νεώ]ζανηορ ηòν ναὼν ἔη(οςρ) ρηογ΄.
"Aziz Anne Kilisesi İmparatorlar Basil, Leo ve Alexander, dönemlerinde yenilenmiştir" (M.S. 884/885)
Kitabesine göre kilise I. Basil‟in imparatorluğu döneminde, M.S. 884-885 yıllarında, yerinde bulunan kilisenin yerine yeniden inşa edilmiştir. İlk kilisenin ne zaman inşa edildiği konusu bilim adamları arasında henüz netlik kazanmamakla birlikte kilisenin Hıristiyanlık öncesindeki bir tapınak alanına inşa edildiği ortak kanaattir.
St. Anna kilisesi Trabzon‟daki ayakta olan en eski orta Bizans yapısıdır. Onarım kitabesine göre yapılan bağışlarla değişik zamanlarda müdahaleler görmüştür. Kilise Trabzon‟daki diğer önemli tapınaklardan olan Ayasofya gibi önemli kişilerin gömüldüğü mezarlık karakterli bir alanda inşa edilmiştir. Bu kilise, muhtemelen yerel yöneticilerin mezarlarının yer aldığı yapı gibi görünüyor.
Yapının hikayesi 13. yüzyılda Büyük Komnenos İmparatorluğu'nun kuruluşundan çok önce başlar. Ancak 14. ve 15. yüzyıllarda yapı dinsel geleneklerle defin yapılan bir mezar alanına dönüşmüştür. Bu döneme ait toplam yedi adet kitabe, definler, ölenlerin portreleri ve tapınağın içindeki hakim olan atmosfer bu durumun göstergesidir. Ne yazık ki bunların göstergesi olan resimler günümüzde kalıcı olarak kaybolma noktasına gelmiştir. Ancak 19. yüzyıl sonları ve 20. Yüzyıl başlarından kalan fotoğrafları bizlere fikir vermektedir.
Kilisenin altında devlet memurları gibi seçkin insanların gömülü olduğu kripta kısmı 1916 yılında açıldığı bilgisi mevcuttur.
